•Tela 3D que permite a visualização em 3D sem a necessidade de óculos especiais e com a possibilidade de ajustar ou desligar o efeito 3D com o Botão Regulador de 3D.
•Câmeras estéreo que permitem que os usuários tirem fotos em 3D, que podem ser visualizadas instantaneamente na tela 3D.
•Novas interfaces de entrada, incluindo o Botão Deslizante, o sensor de movimento e o sensor de giroscópio.
•SpotPass: um recurso que permite que o Nintendo 3DS detecte pontos de acesso sem fio ou pontos de acesso a redes sem fio e obtenha informações, dados de jogos, softwares gratuitos, vídeos, entre outros, para os jogadores, ainda que o sistema esteja no modo de descanso (modo sleep).
•StreetPass: um recurso que permite que o Nintendo 3DS troque dados automaticamente com outros sistemas Nintendo 3DS uma vez que configurado pelo usuário,ainda que no modo de descanso (modo sleep). É possível trocar dados para vários jogos ao mesmo tempo.
•Recursos convenientes que os usuários podem acessar sem interromper os jogos, como o menu Home, o navegador de Internet, notificações etc.
•Montes de softwares pré-instalados como o Nintendo 3DS Câmera, Nintendo 3DS Som, Criador Mii, StreetPass, Praça Mii, AR Cards (jogos de realidade aumentada), registro de atividade, Face Raiders, etc.
•Nintendo eShop onde os usuários podem ver trailers e classificações de softwares, além de comprar softwares.
•Transferência entre sistemas, que permite que os usuários transfiram softwares já comprados de um sistema Nintendo 3DS para outro. DSiWare comprados para o Nintendo DSi ou Nintendo DSi XL podem ser transferidos para um sistema Nintendo 3DS.
•Funções de compatibilidade em que é possível executar tanto softwares desenvolvidos para o Nintendo 3DS quanto a maioria dos softwares para a família de sistemas Nintendo DS.
•Controles para os pais que permitem que os pais restrinjam o conteúdo dos jogos por meio das classificações, bem como o uso de conectividades sem fio específicas da funcionalidade 3D